由于孕期女性的身体快速地变化，造成心血管、呼吸和免疫系统负担很重，流感病毒可增加妊娠并发症或合并症的风险，例如继发细菌感染，出现肺炎等严重病症。
世界卫生组织的数据显示，在全球范围中，因感染h1n1需要住院治疗的病人中，有7%~10%是怀孕中晚期的孕妇，孕妇感染h1n1后，需要接受重症监护的可能性是普通患者的10倍，更容易加重甚至死亡。因此世界卫生组织建议，孕妇如果出现流感的症状，如发热、喉咙痛、流鼻涕、咳嗽和打喷嚏，应立即就医。
虽然孕妇感染h1n1后发生严重病例的机会比正常人群高，但大部分的孕妇感染流感后症状还是比较轻微的，可以在家里接受治疗而痊愈。很多孕妇都担心自己感染h1n1会对胎儿造成怎样的影响，而目前还没有证据显示h1n1病毒会通过胎盘传播给尚未出生的胎儿，因此不必过于担心。
世界卫生组织建议，产后即使婴儿或者母亲感染了流感病毒，均应继续母乳喂养，而研究显示，母乳中的免疫因子可以增加婴儿抵抗流感的能力。
孕妇们对孕期用药都有很大的顾虑，怀孕后一旦出现感冒的症状，大部分的孕妇宁可“扛”、“挨”过去，也不愿去医院就医，更抗拒用药。事实上，这样常常错过了疾病的最佳诊疗时机，导致病情快速发展，威胁母儿生命。
在孕妇出现流感症状后，应在症状初起后48小时内开始服用抗病毒药物，治疗效果很好，而无需等待实验室检查化验的结果。需要强调的是，这些治疗应在正规医院医生的指导下进行，而不能孕妇自行服药。根据目前的动物试验结果，治疗甲流的抗病毒药物达菲在孕期使用是安全的，孕妇不必过于担心。
预防孕妇感染流感的有效措施是勤用肥皂洗手，避免与感冒病人接触，避免到人群密集的场所，孕妇周围的人在咳嗽、打喷嚏时应用纸巾包裹嘴鼻。孕妇不宜服用抗病毒药物预防流感，因为这样容易让流感病毒产生抗药性。