一、疾病名称与疾病分类不同。
口蹄疫的英文名为Aphthae Epizootic;手足口病的英文名为Hand,footandmoutn disease。口蹄疫与手足口病是截然不同的两种传染病。
二、病原体不同。口蹄疫的病原体为口蹄疫病毒，属于人畜共患病原体。手足口病是由数种肠道病毒感染所致。
三、传染源不同。口蹄疫病毒只引起偶蹄类(两半蹄子)动物牛、羊、猪、鹿、骆驼等发生口蹄疫，成为人患口蹄疫的传染源。只有先出现兽疫，才有可能使人患病。
手足口病的传染源是患者和肠道携带病毒的人，属于人类疾病。
四、传播途径不同。口蹄疫是通过接触病畜口腔、蹄冠部的溃疡烂斑，经皮肤粘膜感染的;偶而也有食用了被病毒传染而又未加热(巴氏消毒)的奶感染的。因此，人患口蹄疫是极为散在发生的。
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