(1)用药的时间
怀孕早期正是胎儿各器官形成阶段，如果选用药物不当可造成胎儿畸形。例如60年代初期，在原联邦德国、澳大利亚等国家，有些孕妇为了减轻妊娠的呕吐反应而服用一种控制妊娠呕吐的催眠止吐剂一一酞胺哌啶酮（又称反应停），结果服了这种药物的孕妇生下的婴儿中发现有手臂奇短，形如海豹肢体的畸形发生率特别高，此后该药的致畸性才受到人们的重视，目前已禁用此药来治疗妊娠呕吐。妊娠4个月以后，胎盘的屏障作用增强，胎儿各器官的雏型已形成，药物对胎儿的影响也减少，所以孕中期、孕后期应用药物对胎儿的影响不如孕早期大。
(2)药物的种类
如果妊娠期用抗肿瘤的药物，胎儿致畸的可能性比较大，因为这类药物可使细胞分裂减慢。孕早期服用四环素可使胎儿的牙釉质损害和手指畸形。抗生素中的氨基糖苷类药物（包括链霉素、庆大霉素、卡那霉素等）对听神经有严重的毒性，可造成先天性耳聋。应用睾丸酮和孕酮可使女婴男性化，雄激素具有男性化的作用。应用抗癫痫药初如苯妥英钠可使胎儿发生神经管发育缺陷（如无脑儿、脊柱裂）、先天性心脏畸形、手指畸形及唇裂、腭裂等口患糖尿病的已婚妇女，在准备怀孕之前及怀孕过程中均应用胰岛素治疗控制血糖，如果用其他药物来降低血糖，则具有致畸性，常见畸形为指（趾）缺陷，心脏及神经系统的畸形。
育龄妇女一旦月经来潮日期推迟或者已早期怀孕，因病就医时应主动向医生提出，使医生用药时考虑周全些。过去认为某些西药有致畸性而中药比较安全，其实也未必，因为以往对中药的研究较少。孕妇确系有病需要药物治疗时，应在医生的指导下用药，既安全有效，又不影响胎儿的发育。