当新生儿患有支原体肺炎时，会表现为发热、厌食、咳嗽、哭闹不止等症状。体温久高不下，或仅仅是低热;咳嗽时情况比较严重，初期干咳，之后会有痰液，部分还会带有血丝。
患儿还会出现喘鸣及呼吸困难的症状，在用听诊器听诊时会听见有浊音。镰状细胞性贫血患儿并发此种肺炎时，症状往往加重，可见呼吸困难、胸痛及胸腔积液。
支原体肺炎可伴发多系统、多器官损害。呼吸道外病变可涉及皮肤粘膜，表现为麻疹样或猩红热样皮疹等;偶见非特异性肌痛及游走性关节痛;胃肠道系统可见吐、泻和肝功损害;血液系统方面较常见溶血性贫血;多发性神经根炎、脑膜脑炎及小脑损伤等;心血管系统病变偶有心肌炎及心包炎。轻重视病情而定。