氨基酸代谢异常。这是不适宜吃母乳的宝宝之一。氨基酸代谢异常主要侵犯神经系统，是宝宝智力发育落后的重要原因。由于氨基酸代谢异常所引起的疾病，已经发现的病种达到70种以上。苯酮尿症就是其中的一种，是这70多种氨基酸代谢异常中比较常见的氨基酸代谢疾病。
苯酮尿症(PKU)。PKU是氨基酸代谢异常引起的一种疾病。属常染色体隐性遗传病。是体内缺少苯丙氨酸羟化酶，不能使苯丙氨酸转化为酪氨酸，而造成苯丙氨酸在体内的堆积，严重的可干扰脑组织代谢，造成功能障碍，以致这类患儿生后常表现为智能障碍。
乳糖不耐受综合征。这也是不适宜吃母乳的宝宝。乳糖不耐受综合征患儿，由于体内乳糖酶的缺乏导致乳糖不能被人体消化吸收，临床常表现为婴儿吃了母乳或牛乳后出现腹泻。由于长期腹泻不仅直接影响到婴儿的生长发育，而且可造成免疫力的低下，引发反复感染。应暂停母乳或其他奶制品的喂养，而代之以不含乳糖的配方奶粉或大豆配方奶。
母乳性黄疸。母乳性黄疸，停母乳只是短期间的，一般是48小时左右，就可恢复母乳喂养。如果恢复母乳喂养后，黄疸再次加重，可再停喂1～2天。经过两三次这样的过程，宝宝就不会因为吃母乳而出现黄疸了，可以继续母乳喂。
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