常见的病因有：
(一)糖原储备和消耗不平衡
早产儿和小于胎龄儿肝糖原储备不足是引起低血糖的主要原因，也与糖原异生功能低下、胰高血糖素反应迟钝有关。新生儿患病时易发生缺氧、酸中毒、低体温和低血压，使儿茶酚胺分泌增加，并出现无氧代谢，加速糖的消耗，使血糖降低。
(二)糖调节机制不平衡
维持血糖平衡主要依赖胰岛素促进糖原生成和增糖素促使糖原分解。糖尿病母亲的新生儿胰岛细胞增生，胰岛素分泌过多，常在出生后4～6小时发生低血糖，可持续至生后48小时。
(三)糖原分解障碍
糖原累积症和小于胎龄儿可能由于糖原分解减少而发生低血糖。
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