新生儿肛周脓肿病情发现较早时，其脓肿范围较小，甚至还未形成脓肿，这个时候让新生儿进行抗感染治疗，可控制病情发展。在治疗期间，家长要遵循规范、足量的治疗原则，尽量使用合适新生儿身体的抗生素药物，保证新生儿身体健康。
同时家长要做好新生儿肛门附近的卫生，可用碘伏等溶液清洗其肛周脓肿部位，起到良好的消毒作用，促进新生儿身体恢复。若是新生儿肛周脓肿病情发展严重，则需要采取手术治疗，及时将患处脓液引流，防止新生儿感染加重，威胁其身体健康。
进行手术引流时，最好在新生儿脓肿处塞好纱条，保证脓液完全流出。为了预防脓肿再次形成，家长也要使用抗感染药物，控制新生儿炎症发作。家长还要注意新生儿饮食，最好让他们食用清淡易消化的食物，促进其身体恢复。
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