但是新生儿拉肚子会引起并发症哦，脱水和电解质紊乱拉肚子时机体不仅不能有效地从食物中吸收水份和电解质，而且还会以肠液的形式将它们进一步丢失。所以拉肚子时，如果不能及时有效地补充水份和电解质的话，就会出现不同程度的脱水和电解质紊乱。其中，电解质紊乱包括低钠、低钾、低钙和低镁，它们不仅不利于疾病的恢复，而且还会给孩子带来不必要的痛苦，例如低钾可引起顽固性的腹胀，低钙可引起手足抽搦或惊厥。
病毒性心肌炎它发生在肠道病毒感染所致的拉肚子之后，拉肚子使患儿的抵抗力进一步下降，病毒就可侵犯心脏而引起病毒性心肌炎。并发此病的患儿会有胸闷、胸痛、心悸、头晕、乏力等症状。重症患儿会因为严重的心律失常导致心力衰竭、心源性休克，甚至危及生命。
营养不良多发生在迁延性拉肚子或慢性拉肚子之后。营养不良会使患儿的抵抗力进一步下降，易继发各种感染，如鹅口疮、支气管肺炎、结核病、中耳炎、尿路感染等，而且拉肚子迁延不愈还会加重营养不良，造成恶性循环。