从蛋白质层面上讲，婴儿配方粉分为四级，营养价值相同：普通（整蛋白）配方，就是市面上的婴儿配方粉；部分水解配方，适用于过敏预防，特别是生后早期因母乳不足须添加配方粉时，及牛奶过敏治疗好转过度到普通配方前使用；深度水解和氨基酸配方适用于治疗牛奶蛋白过敏。“由于羊奶的蛋白质与牛奶蛋白相似率高达92%以上，所以牛奶蛋白过敏不能推荐使用羊奶替代。”
豆类婴儿配方奶粉可以用于喂养足月儿，但营养价值方面没有超过牛奶蛋白的配方产品。而对于乳糖不耐受的情况，尤其是在孩子腹泻和腹泻的恢复期，需要避免小肠绒毛再度受损引起恶性循环，则需要使用不含乳糖的配方奶粉。
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