遗传因素，父母如果有心脏病，胎儿在胚胎发育过程中遗传父母的基因，就容易诱发先天性的心脏病，它占发病的8%。
如果孕妇在孕期服用药物，感染病毒、细菌、辐射，都会诱发胎儿的发育异常。所以预防新生儿先天性心脏病，首先要对父母进行遗传病检查，控制得病的风险。其次在孕期一定要注意对孕妇的保健。
早产儿患室缺和动脉导管未闭者较多，心室间隔缺损是常见的一种先天性心脏畸形，大多数是单一畸形，约占先天性心脏病的20％左右，与心室间隔在出生前无足够时间完成发育有关；动脉导管未闭与早产儿的血管收缩反应在出生后还不够强有关，一般3个月以后的动脉导管如果没有闭合，将来再闭合的可能就不大了，大部分可能就需要手术来治疗。出生时体重在2500g以下的新生儿尤易患先天性心脏病。
有研究表明，高龄孕妇生出先天性心脏病的患儿几率会比普通人群高一些，所以高龄孕妇孕期应该积极进行孕检，密切关注胎儿的健康状况。
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