但是很多新生儿疾病，包括先天性畸形等，常常首先出现的症状也是呕吐，因此必须对它重视，以免延误对各种疾病的及时诊断，失去治疗的机会。
新生儿呕吐的主要原因发生呕吐的日龄、呕吐次数与呕吐性质、呕吐内容物、全身状况及腹胀等，对于鉴别呕吐原因有一定价值。
刚生下不久，还未开奶就开始呕吐，吐出物象泡沫样或含少许咖啡样物，全身情况尚好，胎粪排出正常，无腹胀，分娩时有产程过长或窒息者，可能因吞入过多羊水引起，待羊水吐尽后，呕吐自然停止。
少数呕吐严重者需用导管抽出胃内容物，并用生理盐水洗胃，症状便可缓解。
对于因难产、高位产钳、吸引助产等引起分娩损伤的和有窒息的小儿发生呕吐，需谨防颅内出血，这时常伴有嗜睡、突然尖叫、抽痉、前囱饱满等神经系统症状，全身情况亦较差。
出生不久，或刚开奶，一吃即呕吐，无胎粪排出或排出量极少时，常常有可能为胎粪粘稠引起梗阻，或消化道畸形所致原肠梗阻。由胎粪粘稠引起的，灌肠后大便通畅即解除。
消化道畸形可有食道闭锁、十二指肠闭锁、肠旋转不良、无肛门等情况，除呕吐和无胎粪（或极少）排出等共有症状外，如梗阻位置较高，则呕吐频繁，腹胀不明显，或上腹胀而下腹空虚；梗阻在十二指肠以下的，呕吐物含胆汁；梗阻位置低的，呕吐发生较晚，呕吐物中可有粪便，腹胀明显。对这类畸形的患儿，应尽量争取早日手术治疗。
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