新生儿溶血病的原因主要分为两种：ABO血型系统不合，Rh血型系统不合。在我国，最常见的是ABO血型系统不合。
ABO血型的分类主要是按照红细胞上有无A、B血型抗原来分的，即红细胞上只有A抗原的称为A型，红细胞上只有B抗原的称为B型，红细胞上无A、B抗原的称为O型，红细胞上有A和B抗原的称为AB型。婴儿的遗传物质一半来自父亲，一半来自母亲，所以婴儿有可能继承妈妈的血型，也有可能继承爸爸的血型。
当母儿血型不合时，就有可能发生溶血。这是因为胎儿在母亲体内依靠母亲供应营养，但是母亲和胎儿之间有一道“胎盘屏障”，这道屏障可以保护母婴血液不会“相互来往”，不过仍有少量的婴儿红细胞会因为绒毛的破损而渗入母体循环，如果母亲体内的胎儿与母亲的血型不同，母亲的身体就相当于被致敏，启动免疫系统，产生排斥婴儿血型的抗体，此抗体可通过胎盘进入胎儿体内，结合在婴儿红细胞的表面，导致溶血，婴儿就会发生溶血病。如：O型血的妈妈怀了由父亲方遗传而来的A型血的胎儿，由于O型血妈妈体内没有A抗原，当A型胎儿红细胞进入妈妈体内时，妈妈体内会产生抗A抗体，抗A抗体进入宝宝体内就会引起宝宝的红细胞破坏而溶血。
ABO血型不合溶血病99%以上常发生在母亲血型为O型，父亲血型为A型、B型和AB型的胎儿。这是因为血型抗体是一种免疫球蛋白，主要有IgG和IgM，O型血孕妇所产生的抗体以IgG占优势，IgG为不完全抗体，分子量小，可以通过胎盘，引起胎儿溶血，而A、B和AB血型的孕妇所产生的抗体以IgM占优势，IgM为完全抗体，分子量大，不能通过胎盘，因此不会伤害胎儿。
然而，并不是所有O型血妈妈所生的宝宝都会发生溶血病，而是有的宝宝会发病，有的宝宝不发病；有的症状轻，有的症状重。这与母亲抗体的量多少，抗体与胎儿红细胞的结合程度，抗原的强度及胎儿代偿性造血能力有关。
ABO溶血病多在第二胎发生，但也可部分发生在第一胎。这是由于自然界存在着与A（B)抗原相类似的物质，O型血母亲在孕前常已接触到，随后这些类似血型抗原物质可刺激O型血母亲产生A（B)抗体，当母亲怀孕后此抗体可通过胎盘进入胎儿体内而引起溶血。不过新生儿溶血病的发生的机会和严重程度，会随着胎次的增加而增加。这是因为流产的母亲产道会发生破损，被打掉胎儿的血液会进入母亲体内，母亲被“致敏”后，体内产生了抗A或B抗体，那么在下次妊娠时胎儿发生新生儿溶血病的几率就会增大很多，一旦出现，程度也会比较严重。
新生儿溶血病既然是夫妻血型不合造成的，那么是否每个人都要跟血型相同的人结婚呢？答案显然是否定的。夫妻血型不合现象很普遍，所以新生儿溶血病也很常见，该病症状有轻有重，婴儿常于生后24小时以内或第二天出现黄疸，并迅速加重，但因为婴儿体内来自母亲的抗体每天在消耗，所以症状会逐渐好转。该病一般都能及时发现，依病情需要通过光照、药物、补充铁剂或输血治疗，几乎都能治愈，不会对孩子未来的健康造成影响。
夫妻双方有上述血型的情况，可以通过孕前和孕期检查并及时干预减少新生儿溶血病的发生。如在孕前被查出血型抗体效价高者可在孕前先进行中药治疗来降低抗体，预防怀孕后宝宝患ABO溶血病。即使孕前没有做过抗体检测，也可以通过定期查孕后抗体效价来预防，第一次孕16周开始查抗体，第二次孕28～30周，以后2～4周查一次，自抗体效价增高时开始给予孕妇口服中药，每日一剂至分娩。这种方法不会对胎儿造成伤害，同时又会有效降低母体抗体的产生，避免重度溶血的产生。
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