食物中含蛋白质的量较多，含碳水化合物少，食物在肠道内的发酵过程微弱，造成新生儿便秘；不少孩子都有偏食的毛病，喜欢吃鱼肉类，不爱吃水果、蔬菜。由于食物中纤维素少，易造成便秘。儿童自幼应养成定时排便习惯，在条件反射的作用下定时排便。孩子贪玩，有意识抑制便意，时间久了，肠末稍神经对粪便刺激敏感度下降，粪便久存于直肠，水份被吸收变干硬，当然难于排出。孩子受到突然精神刺激，如惊吓，或生活环境改变等，可出现暂时的便秘现象。
生活不规律和缺乏按时大便的训练，未形成排便的条件反射导致便秘很常见。另外学龄儿童常因无清晨大便的习惯，而学习时间不能随时排便，上课时憋住大便也是导致便秘的常见原因。常用泻剂或灌肠，缺少体力活动，或患慢性病如：营养不良、佝偻病、高钙血症、皮肌炎、呆小病及先天性肌无力等，都因肠壁肌肉乏力、功能失常而便秘。交感神经功能失常、腹肌软弱或麻痹也常使大便秘结。