引起新生儿便秘的原因有两种，一是先天的缺陷，二是不良的生活习惯。第二种情况则较常见。新生儿便秘大多数发生在吃牛奶的孩子身上，牛奶较母乳来说蛋白质含量高，不易消化，喝牛奶的孩子长长2～3天解一次大便。如果排便并不困难，并且大便也不硬，婴儿精神好，体重也增加，这种情况就不是病，只是排便的一种习惯。这时就应该做到均衡膳食，增加一些纤维素的摄入，保证宝宝的运动量。
当然，添加益生元对于解决40天新生儿便秘这一问题也有较大帮助，如果每天摄入益生元，不仅能够扼制肠内有害菌群的产生，还能为肠内有益菌提供良好的生长环境，造就健康肠道，改善便秘引起的肠胃失衡问题。能促进婴儿必需营养素代谢以及生长发育所必要的维他命B1，B2，B6，能够帮助孩子良好的成长发育。
此外还应当培养宝宝自幼养成正常排便的习惯，宝宝排便与进食一样重要。进食是为了宝宝生存和生长发育，排便则使人体新陈代谢的废物或有害物质及时排出体外，免除机体损害。一般宜选择在进食后让孩子排便，例如每日定时让宝宝坐马桶，即使没有大便也要让他坐个十来分钟，建立起大便的条件反射，就能起到事半功倍的效果。