新生儿败血症由于误诊等，治疗往往不太得力，因此易造成很严重的后果。其最重要的并发症是化脓性脑膜炎、肺炎、肺脓肿、骨髓炎、肾盂肾炎及蜂窝组织炎等。这些并发症都是重症，其一是病死率高，其二是后遗症多。化脓性脑膜炎的后遗症自不必说，骨髓炎造成肢残，肾盂肾炎亦可成为终生疾患。患新生儿败血症后，可能变成了一个残疾儿，所以必须重视新生儿感染问题。
新生儿败血症还会影响宝宝智力发育。新生儿败血症如果不能及时、彻底地治疗，可能导致高胆红素血症，甚至核黄疸及化脓性脑膜炎发生，均可影响小儿智力发育。因此，当小儿有皮肤脓疱疹、脐部发红化脓或臀部皮疹、破溃应到医院诊治。如果小儿吃奶减少、嗜睡、哭闹不安、黄疸加重，出现腹胀、腹泻等应住院彻底地抗感染治疗，有效制止病情发展。
预防新生儿败血症刻不容缓。孕妇莹定期作产前检查，分娩过程中应严格执行无菌操作，对胎膜早破、宫内窒息或产程过长的新生儿应进行预防性治疗。对有感染与发热的母亲应用广谱、通过胎盘屏障的抗生素。对有窒息的新生儿的复苏尽量减少交叉感染的机会。做好宝宝皮肤、黏膜护理，应特别注意避免感染或损伤。不要用粗糙不洁的布巾擦洗新生儿口腔，以免损伤口腔黏膜。如有感染性病灶，应及时处理，并应用适量抗生素预防感染。
新生儿免疫系统发育不完全，患败血症的死亡率约高达20%，早产、体重轻者更高。还可能引发很多的并发症，如化脓性脑膜炎、肺炎、多脏器功能障碍综合征等。建议家长早发现早治疗。