鱼腥草入药具有清热解毒、消痈排脓、利尿通淋的作用，在我国传统医学中具有较为广泛的应用。
常与芦根、桔梗、瓜蒌等同用于肺痈吐脓（相当于现代医学讲的肺脓疡），痰热喘咳。用于热毒疮疡时，可与野菊花、蒲公英、金银花等同用，亦可单用鲜品捣烂外敷。若皮肤瘙痒，蚊虫叮咬，疔疖红肿痒痛，亦可单用本品制成搽剂，外涂患处（如《中国药物大全》提及的皮炎宁）。鱼腥草用于膀胱湿热，小便淋漓涩痛时，常与车前子、白茅根、海金砂等同用；亦可单用鱼腥草，不仅治疗热淋，尚可治疗白浊及白带。用于大肠湿热、泄泻痢疾时，多与黄连、黄柏、白头翁等配用，也可与山楂炭配伍，治疗热痢（相当于现代医学讲的细菌性痢疾）。现代药理实验表明，本品具有抗菌、抗病毒、提高机体免疫力、利尿等作用。临床报道广泛用于治疗肺炎、咯血、上呼吸道感染、慢性支气管炎、百日咳、流感、肺脓疡、癌性胸水、感冒发烧、肺癌、宫颈糜烂、化脓性关节炎、习惯性便秘、急性细菌性痢疾、急性黄疸性肝炎、肾病综合征、单纯疱疹性角膜炎、鼻炎、化脓性中耳炎、流行性腮腺炎、丘疹状荨麻疹、慢性咽炎、肛肠病、前列腺炎、红斑狼疮、血管瘤、预防钩端螺旋体病等。以鱼腥草为主要成分的常用中成药制剂有鱼腥草注射液，具有清热、解毒、利湿的作用，用于肺脓疡，痰热咳嗽，白带，尿路感染，痈疖等。又如复方鱼腥草片（由鱼腥草、黄芩、板蓝根、连翘组成）具有清热解毒的作用，用于外感风热引起咽喉疼痛、扁桃腺炎等。鱼腥草制剂的不良反应较少见。
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