1、便秘
很多原因都可以引起孩子便秘，如食物过于精细缺少膳食纤维、肠蠕动过慢、过敏等等。如果不容易分析病因，建议可以选择主要含双歧杆菌、或者鼠李糖杆菌的菌种，同时要注意增加食谱中的膳食纤维含量。
2、腹泻
无论何种原因导致肠蠕动快、大便稀，都是腹泻。腹泻时，肠道正常菌群，肯定会受到很大的破坏，这时候是最应该补充益生菌的时期。不过这个特殊时期，补充益生菌也是最讲究的时候，有保护肠黏膜减少损伤型的、有意在快速恢复肠道菌群微环境的等等。
3、乳糖耐受不良
这是一种小婴儿容易出现的不适，由于缺乏对奶里边的乳糖的充分消化能力，所以会表现为一种特殊形式的消化不良，腹泻、肚子胀、爱哭闹、容易肠绞痛等等。一般杆菌类的益生菌，都可以帮助人体更好地消化乳糖。此外，乳酸杆菌、鼠李糖杆菌等也都是杆菌类，都对乳糖不耐受有很好的效果。
4、过敏性疾病（湿疹、鼻炎、哮喘、反复荨麻疹等)
过敏性疾病，是因为人体的免疫系统功能出现了紊乱，危害大而且持续时间长。表现多种多样，婴儿时期主要变现为湿疹，大一点的孩子可以变现为鼻炎哮喘等，也可能某个成人的偏头痛、肾脏疾病，也与过敏有关。有一些益生菌就对过敏有很好的辅助治疗作用，包括鼠李糖杆菌、罗伊氏杆菌。尤其是鼠李糖杆菌，可以调节体内免疫球蛋白（IgE)抗体水平，所以有助于缓解过敏症状。
5、反复鹅口疮、口腔黏膜溃疡
一般小婴儿容易出现鹅口疮（一种真菌感染）、大孩子容易出现口腔黏膜溃疡。明确原因不明，可能与饮食、免疫力欠佳、龋齿、过敏、慢性扁桃体炎、遗传等多种因素有关。无论怎样，这两种口腔黏膜问题，都提示人体消化道出现了菌群紊乱，适合使用益生菌进行调节。从调节免疫力角度分析，建议使用鼠李糖杆菌（比如HN001）。
6、消化不良
如果孩子大便里，持续有很多食物残渣，就很有可能是消化不良，这时候益生菌就会有用武之地了。因为益生菌可以在胃肠道，帮助产生消化酶，这些消化酶能帮助人体更好地消化食物。几乎所有的益生菌都有这个作用，您可以放心选择。
7、微生物感染
消化道是人体与外界接触的最重要的途径，也是最容易受到细菌病毒等微生物袭击的场所，所以孩子发生消化道微生物感染的几率很高，或者即使是病毒性感冒发烧，也会多多少少对消化道造成影响。那么，在孩子生病期间，就可以同时给孩子服用一些益生菌，帮助消化道的好细菌还能控制住局面，从数量上仍然能占绝对优势，是一种很好的辅助治疗。简而言之，孩子生病期间，吃益生菌可以好得快一些哦。
8、接受抗生素治疗
使用抗生素，意味着人体肠道内的正常菌群，也会受影响，那么补充一段时间的益生菌，是非常必要的。此时益生菌选择可以比较灵活，建议选择二种、三种、四种的复合菌种，可能对于恢复正常聚群更具优势。
益生菌的选择，要把握3大特点：
——活性、含量、菌种
其外，益生菌还有三怕：怕高温、怕胃酸、怕氧气。所以儿童益生菌的选择非常的重要！
1针对益生菌的怕高温，对水温有严格要求在37—40度。
2怕胃酸是怎么回事呢？因为人体的胃要消化食物，它的酸性很强，胃酸的酸性PH值在0.9—1.5之间，酸性跟硫酸差不多，这也是为什么我们吃那么多细菌下去没事的原因，因为胃酸是人体抵抗细菌的第一个屏障，好多细菌在胃里面都被杀死了，像前阵子，绝味鸭脖检验出来细菌超标，但大部分人却吃了没事呢，就是胃酸的原因，它保护的我们身体。而我们益生菌却是怕胃酸的，拿酸奶作比方吧，一杯益生菌酸奶大约的益生菌含量是10的8次方，1个亿的含量，但是吃下去后，只有10的7次方的活菌能到达肠道，也就是说90%的益生菌都在胃里被胃酸杀死了。
3怕氧气：益生菌是厌氧菌，所以生产益生菌的技术特别重要，不同技术保存方法不一样。
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